migration spip 3.0.20 à 3.1.0

Bonjour,
J’ai lancé la procédure de mise à jour de spip 3.0.20 vers 3.1.0 et je suis confronté à un problème. Je suis sous linux debian 7.9.
J’ai utilisé la méthode spip_loader.php pour migrer. Seulement il y a un blocage au niveau des modifications de la BD MySQL.
Ca ne s’arrête pas et les logs d’apache (error.log) remplissent le disque complétement (35 Go)
L’erreur est la suivante PHP Warning : readdir() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/monsite/ecrire/maj/svn1000.php on line 678, referer : http://monserveur/monsite/ecrire/?exec=upgrade&reinstall=19268&meta=version_installee=meta