Salut, plusieurs options s’offrent à toi...
Le traitements des raccourcis typo est exécuté dans la fonction propre() embarquée par le plugin textwheel :
http://zone.spip.org/trac/spip-zone/browser/_core_/plugins/textwheel/inc/texte.php#L734
Textwheel est aussi dispo sous forme de librairie et peut-être utilisé dans d’autres projets que SPIP, cf :
http://contrib.spip.net/Presentation-de-TextWheel
Autre option, utiliser un plugin comme "convertisseur" qui permet de basculer d’un syntaxe à une autre :
http://contrib.spip.net/Plugin-Convertisseur
Il te restera certainement à régler le cas des modèles qui permettent d’insérer des documents, mais aussi éventuellement des contenus persos.
En résumé, c’est pas les solutions qui manquent :p
