pas d’url arborescentes apres maj 2.1 vers 3.1.1

Bonjour à tous,
J’ai mis mon "vieux" site spip 2.1 a jour hier vers 3.1.1 (suite a un hack)
Apres quelques réglages tout fonctionne, sauf les url arbo.
Sous 2.1 l’opération était faite avec le couteau suisse et j’ai découvert que spip 3 avait intégré cette fonction. J’ai donc désactivé la fonction du couteau suisse.
Les autres type de réécriture fonctionnent, j’ai bien mis le .htaccess a la racine.
Le problème est que les liens référencés sur les moteurs de recherche pointent dans le vide, ce qui n’est pas bon...
Merci pour votre.