Squelette / performance d’affichage

Bonjour,
Je développe des squelettes pour un site basé sur SPIP, hébergé chez 1and1 sur un serveur linux dédié.
N’étant pas du tout un expert du web (développement de scripts et administration de serveur), j’ai beaucoup de mal à identifier l’origine de mon problème...
Les squelettes sont différents en fonction des rubriques et font appel à quelques balises INCLURE pour éviter de réinventer la roue à chaque fois.
Lorsque je calcule un page, le navigateur mets 40s à afficher la page et en regardant le traffic réseau via les outils de développement de Firefox, je vois que le serveur travaille 99% de ce temps avant de renvoyer le début de la page. Le téléchargement des éléments graphiques, de style ou de script ne représente rien.
J’ai tenté d’utiliser le paramètre var_mode=debug, les temps de calcul des boucles semblent corrects, quelques millisecondes.
J’ai tenté d’utiliser le paramètre var_profile=1 mais j’ai toujours une page vide en retour :(
Je me demande si l’origine de ce problème vient de la structure de mes squelettes ou alors du fichier .htaccess (de la redirection d’URL) mais je ne sais pas comment tracer cela.
Quelqu’un aurait-il une piste à me donner ?
Merci d’avance
Frédéric