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Problème de chargement d’images et de styles css ,le module Rewrite URL ne fonctionne pas avec un Alias sur un serveur Apache2 (OS ubuntu 12.04) en local

Tout d’abord ma configuration :
Ubuntu 12.04 + Apache 2.4 + SPIP 3
J’ai installé un serveur LAMP avec succès.Tout marche correctement.
Je gère plusieurs virtual hosts dans mon dossier /etc/apache2/sites-available/
001-site1.com.conf , 002-site2.com.conf ... dans lequel j’ai défini des Alias pour chacun : /site1 /site2...
Sur ces sites SPIP 3 j’utilise les URL arborescentes /titrerubrique/...
Le problème est le suivant, quand je tape http://localhost/site1/titrerubrique
SPIP ne m’affiche que le html , et toutes mes balises #CHEMIN contiennent :
http://localhost/site1/titrerubrique/squelettes/css/style.css qui évidemment ne matche pas (NOT FOUND).
Et voici mon .htaccess :

##############################################################
# Fichier .htaccess                               SPIP v 3.0 #
#                                                            #
# Permet de controler les URLs et la version de php utilisee #
# Compatible avec les URLs 'html', 'propres' et 'propres2'   #
# Permet aussi d'effectuer la transition de .PHP 3 vers .PHP #
#                                                            #
# Pour utiliser ce fichier renommez-le '.htaccess' dans le   #
# repertoire racine du site, en veillant a ne pas ecraser un #
# .htaccess personnalise qui s'y trouverait deja             #
#                                                            #
# Attention certains hebergeurs desactivent tout ou partie   #
# des fonctions du fichier .htaccess ; celui-ci est donc     #
# indicatif - en cas de difficulte voir sur les forums SPIP  #
##############################################################

RewriteEngine On

################ CONFIGURATION ######################

### Configuration sous-repertoire
# Chez la plupart des hebergeurs il faut indiquer "RewriteBase /"
# sinon modifiez cette ligne

#RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_URI}::$1 ^(/.+)/(.*)::\2$
RewriteRule ^(.*) - [E=BASE:%1]

# SPIP version 'php' - si vous avez d'anciennes adresses en '.php[3]',
# supprimez le '#' sur les lignes qui suivent pour rediriger les acces
# errones vers le .php correspondant

#RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f
#RewriteRule ^(.+)\.php[3]$ $1.php [QSA,L]

# Fin version
###


################ REGLAGES PERSONNALISES ######################
# Inscrivez ci-dessous vos reglages supplementaires




################ GESTIONS DES URLS SPIP #######################

# Deux pseudo-actions a present evacuees
# N'y at-il pas moyen de REMPLACER un nom dans la QueryString ?
RewriteCond %{QUERY_STRING} action=rss
RewriteRule spip.php	spip.php?page=rss [QSA,L]
RewriteCond %{QUERY_STRING} action=ical
RewriteRule spip.php	spip.php?page=ical_prive [QSA,L]

###
# Si le fichier ou repertoire demande existe
# ignorer toutes les regles qui suivent
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f
RewriteRule "." - [skip=100]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule "." - [skip=100]
#
###


###
# Compatibilite avec les URLS "html" (pour transition sympa)
# voir fichier ecrire/urls/html.php
RewriteRule ^rubrique([0-9]+)(\.html)?$	spip.php?page=rubrique&id_rubrique=$1 [QSA,L]
RewriteRule ^article([0-9]+)(\.html)?$	spip.php?page=article&id_article=$1 [QSA,L]
RewriteRule ^breve([0-9]+)(\.html)?$	spip.php?page=breve&id_breve=$1 [QSA,L]
RewriteRule ^mot([0-9]+)(\.html)?$		spip.php?page=mot&id_mot=$1 [QSA,L]
RewriteRule ^auteur([0-9]+)(\.html)?$	spip.php?page=auteur&id_auteur=$1 [QSA,L]
RewriteRule ^site([0-9]+)(\.html)?$	spip.php?page=site&id_syndic=$1 [QSA,L]
# Compatibilite avec les anciennes URLS appelant directement des fichiers php
RewriteRule ^(rubrique|article|breve|mot|auteur|site|agenda|backend|backend-breves|distrib|forum|ical|plan|recherche|sommaire|sommaire_texte)\.php3?$	spip.php?page=$1 [QSA,L]
RewriteRule ^resume.php[3]?	spip.php?page=sommaire [QSA,L]
RewriteRule ^page.php[3]?	spip.php [QSA,L]
RewriteRule ^spip_cal\.php3?$	spip.php?page=ical_prive [QSA,L]
RewriteRule ^spip_rss\.php3?$	spip.php?page=rss [QSA,L]


# Fin compatibilite
###

###
# ping http://site/1234 => article1234

RewriteRule ^([1-9][0-9]*)$     spip.php?action=redirect&type=article&status=301&id=$1 [QSA,L]

#
###

###
# APIs
# http://site/xmlrpc.api
# http://site/atom.api/articles/1234

RewriteRule ^([\w]+)\.api(/(.*))?$ spip.php?action=api_$1&arg=$3 [QSA,L]

# Fin des APIs
###

###
# URLs "propres", "propres2", "libres", "arbo"

RewriteRule ^[^\.]+(\.html)?$		spip.php [QSA,E=url_propre:$0,L]

# Fin URLs "propres" et "propres2"
###

###
# Divers

# bloquer les acces aux repertoires .svn/ (SPIP, plugins, squelettes...)
RewriteRule ^(.*/)?\.svn/ - [F]

###
# Fichiers "standards" (si absents de la racine)
#
RewriteRule ^robots[.]txt$      spip.php?page=robots.txt [QSA,L]
RewriteRule ^favicon[.]ico$      spip.php?page=favicon.ico [QSA,L]
RewriteRule ^sitemap[.]xml$      spip.php?page=sitemap.xml [QSA,L]
##


# expirer les images (pour contourner gros bug MSIE sur le cache)
# note : a decommenter si vous voulez tester
#<IfModule mod_expires.c>
# ExpiresActive on
# ExpiresByType image/gif A3600
# ExpiresByType image/jpeg A3600
# ExpiresByType image/png A3600
#</IfModule>


<IfModule mod_expires.c>
	ExpiresByType text/html  "access plus 0 seconds"
</IfModule>

#################################
# gestion des erreurs 404
# voir http://www.spip.net/fr_article3226.html
# Pour que le serveur http renvoie les erreurs 404 vers SPIP, supprimer le '#'

# ErrorDocument 404 /spip.php?page=404

#
###