Redirection, .htaccess, sous-domaine

Bonjour,
je travaille actuellement sur un site SPIP en version 3, hébergé chez infomaniak.ch, et j’ai ’malheureusement’ fait l’erreur d’installer SPIP dans un sous-répertoire nommé /site. J’ai donc créé à la racine une page index.html (avec une petite anim en html5 !) qui redirige vers le site www.monsite.fr/site/-rubrique1-.

J’aimerais dans un premier temps trouver une solution pour ne plus avoir /site/ inscrit dans l’adresse URL. (Pour info, j’ai un .htaccess à la racine, propre à Infomaniak, et un autre dans le sous-répertoire /site qui m’a permis de réaliser la manip RewriteBase pour avoir des URLs propres).
On m’a déjà parlé de la solution :

laisser ton site dans un sous répertoire, et faire pointer un sous-domaine sur ce répertoire

(entre nous, je ne comprends que vaguement… )
Mais je ne sais pas quel .htaccess modifier et comment le modifier !!!

Dans un deuxième temps, est-ce que je devrais, après avoir trouvé une solution, déplacer mon fichier index.html (avec la petite anim., sa librairie javascript etc. ) de la racine au sous-répertoire /site ?

Enfin, je voudrais connaitre l’impact d’une telle manip’ sur le référencement du site sachant qu’il est en ligne depuis peu de temps.

PLEASE, un petit coup de pouce, je suis certain que ce n’est que 2 ou 3 lignes de code par ci, par là. Et après avoir parcouru moult forums, j’ai vraiment l’impression de tourner en rond !