A priori, le squelette est à installer dans le dossier "squelettes", tout simplement.
La difficulté peut venir de la structure des sous-dossiers de ce dossier squelettes. Par exemple, un chemin relatif vers un sous-dossier du dossier squelettes peut ne plus fonctionner. Bones DotSpip 1.8 (écrit par Izo) excellent squelette par ailleurs, est dans ce cas. Une solution est de copier tous les fichiers du dossier "inclusions" dans le dossier squelettes, et de corriger tous les scripts en modifiant de surcroît la syntaxe des INCLURE ).
Par ailleurs, des fondtionnalités nouvelles des squelettes par défaut de la version 1.9 peuvent être intéressantes à exploiter. Bref, la migration vers la v.1.9 pose des problèmes à certains anciens squelettes, mais il peut être judicieux de profiter de cette occasion pour réécrire les squelettes.
Autre "pépin" possible : les fichiers tels que "article.php" ne sont plus livrés par défaut à la racine du site. Il faut donc les y ré-installer à partir de la version antérieure si on a, dans les articles, des liens écrits de cette façon :
article.php ?id_article=45
Le fichier mes_fonctions.php est à déplacer dans le dossier squelettes, ainsi que tous les .php appelés par une de ses fonctions.